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糖化蛋白质完全参与最重要的生命过程,糖链的组成和结构对糖化蛋白质的构思、功能及与其他分子的相互作用有很大影响。很多蛋白质类药物都是糖基化蛋白质,如免疫球蛋白IgG等。蛋白质糖化一级结构的研究内容还包括糖链的糖型结构、糖化标记的氨基酸部位,以及两者之间的对应关系。
这些信息都集中在糖肽结构上。沃尔特塞的PLGS和BiopharmaLynxTM软件具有独特的糖肽检查功能,主要分析过程如下。1.Y1离子理论数据库生成:蛋白质糖基化主要是N-和O-糖基化。
N-糖化糖链与天冬氨酸(N)相关联,O-糖化链与糖链丝氨酸(S)或色氨酸(T)相关联。在质谱的CID片段中,糖原比肽键更容易脱落。N-,O-糖化中连接氨基酸的第一个是N-乙酰氨基葡萄糖(GlcNAc)。
因此,在糖肽的碎片中,peptide-GlcNAc的离子信号不温柔地存在(和Y1离子)。PLGS和BiopharmaLynx进行糖肽搜索的第一步是建立理论上的Y1离子数据库。2、查找候选Y1离子信号:数据库生成后,根据质量准确度搜索Y1离子光谱数据库,查找候选Y1离子信号。
3.在与Y1离子候选相关的碎片信息中查询糖临床离子。找到至少2个糖临床离子后,确认是否是当归,然后展开下一次处理。糖临床离子来自糖链中最罕见的糖残基碎片,其中主要考虑7种糖临床离子(204.0817、186.0817、168.0817、274.0187、292.0817、366)。
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